Am 12. Oktober 1945 gründete sich die CSU in Coburg, am 13. Oktober (lizenziert am 3. November) 1945 in Würzburg. Am 17. Dezember 1945 wählte der Vorläufige Landesausschuss Josef Müller zum amtierenden Vorsitzenden.
Die gesamtbayerische Gründungsversammlung fand am 8. Januar 1946 statt; am 14. und 15. Dezember 1946 beschloss die zweite Landesversammlung das erste Grundsatzprogramm und bestätigte den bisher vorläufigen Parteivorsitzenden Josef Müller in seinem Amt.
Anders als die christlich-konservativen Parteien in den anderen Bundesländern, die sich 1950 zur CDU zusammenschlossen, blieb die CSU selbstständig und organisatorisch auf Bayern beschränkt, analog der Bayerischen Volkspartei in der Weimarer Republik. Sie lehnte den gesamtdeutschen Führungsanspruch zuerst der Berliner CDU, dann der CDU in der Britischen Besatzungszone unter Konrad Adenauer ab.
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