Vor allem gegen Ende seiner Amtszeit verhielten sich Stoiber und seine Staatskanzlei, als seien Sachverstand und politisches Können allein bei ihnen vereint und als hätten sie dort Kreide gefressen, weshalb Stoibers Umfeld regelmäßig auch über kleinste Kleinigkeiten entschied, zum Unbehagen seiner Minister und der CSU-Fraktion im Landtag. Dieser Vorgan wurde nun zu einem heiklen Fall.
Im Sommer 2007, es waren Stoibers letzte Monate an der Macht, da erreichten seine Staatskanzlei die Vorboten jenes Skandals um die Bayerische Landesbank, der jetzt, drei Jahre später, die Strafjustiz und einen Untersuchungsausschuss im Landtag beschäftigt.
Es gab bereits erste Warnungen vor der »Hypo Group Alpe Adria (HGAA)«, der Kärntner Bank, die 2007 von der Bayerischen Landesbank gekauft wurde. Aber in Stoibers Staatskanzlei, wo man sonst penibel auf alles achtete, ignorierte man einfach die schlechten Nachrichten.
Da im Untersuchungsausschuss die Verantwortung für ein Desaster zu klären ist, das den Freistaat und seine Landesbank 3,7 Milliarden Euro gekostet hat, stellt sich heraus, dass der penible Aktenfresser Stoiber von schweren Mängeln bei der HGAA sehr wohl Bescheid wusste wusste. Das haben Vermerke aus der Staatskanzlei nahegelegt.
Sonst achtete die Staatskanzlei auf alles, aber in diesem Fall wurden die schlechten Nachrichten einfach ignoriert. Stoiber hätte im Sommer 2007 anders beim Kauf der Hypo entscheiden müssen und womöglich das Schlimmste verhindern können, was er aber nicht tat. So hat ein mit Blindheit geschlagene Stoiber dem Freistaat am Ende ein komfortables "Abschiedsgeschenk" bereitet, an dem der Freistaat Bayern noch ordentlich zu knabbern hat.